Após dois anos em que Francisco sofria com as terríveis dores dos Estigmas Sagrados e passado vinte anos de sua conversão, devia ser elevado ao cúmulo da perfeição. Pediu que o conduzissem a Igreja Santa Maria da Porciúncula para soltar seu último suspiro no local onde antes recebeu muitos dons de Deus. Chegando na Igreja, levado pelo fervor, prostrou-se nu em terra nua, com a mão esquerda cobrindo a chaga do lado direito para ocultá-la, fixando os olhos no céu disse aos Irmãos: “Cumpri minha missão, que Cristo vos ensine a cumprir a Vossa”.
Desolados, choraram seus companheiros, e um deles conhecendo por inspiração divina os desejos do moribundo foi buscar uma túnica, cordão e roupas de baixo, e ofereceu ao Pobrezinho de Cristo dizendo “Entrego-te estas coisas porque és um verdadeiro pobre; recebe-as tu, obrigado pelo preceito da santa obediência”. Alegrou-se Francisco ao ver que até o fim da vida foi fiel a Santa Pobreza e elevou as mãos ao Céu, louvando a Cristo, vendo que livre de tudo que era terreno corria desimpedido a Ele.
Em tudo o Santo quis conformar a sua vida com a de Cristo crucificado, que esteve pendente na Cruz pobre, nu e cheio de dores. Durante sua vida, ordenou aos Irmãos por Santa Obediência que quando o vissem morto deixassem seu cadaver despido no chão tempo suficiente para percorrer uma milha.
Chegada a hora, chamou para perto de si todos os Irmãos exortou-os a amar a Deus e recomendou o Evangelho acima de qualquer Constituição e por fim abençoou seus Irmãos com os braços em forma de Cruz e disse: “Temei ao Senhor, meus filhos, e permanecei sempre unidos a Ele. Virá a tentação, e a tribulação está perto, mas felizes aqueles que perseverarem até o fim, De minha parte, volto para meu Deus e vos deixo confiados à sua graça”.
Pediu que lessem, então, a passagem de Jo 13,1: “Antes da festa da Páscoa, sabendo Jesus que chegara a sua hora de passar deste mundo ao Pai, como amasse os seus que estavam no mundo, até o extremo os amou.” e depois recitou como pôde o Salmo 141. E enfim realizados nele todos os desígnios de Deus, sua alma desprendeu-se da carne para ser absorvida no abismo da claridade divina: o Santo adormeceu no Senhor.
Na Terra di Lavoro, Fr. Agostinho, homem de grande Santidade, que era Ministro Providencial, encontrando-se próximo a morte e havendo perdido muito antes o uso da fala, recobrou-a inesperadamente de repente começou a clamar: “Espera-me, Pai! Espera-me um pouco! Eu também vou já contigo!”. Os Irmãos o perguntaram, cheios de admiração, de quem estava falando e ele respondeu: “Então não vedes nosso Pai Francisco que parte para o Céu?”. Então, Fr, Agostinho partiu para o Céu.
O Bispo de Assis estava em peregrinação ao Santuário de São Miguel no monte Gargano. Apareceu-lhe São Francisco na mesma noite de sua morte e lhe disse “Vou deixar o mundo e partir para o Céu”. Ao levantar o Bispo na manha seguinte, referiu aos seus companheiros o ocorrido. Após verificar, constatou que o Santo deixou o mundo no exato momento em que lhe foi pessoalmente anunciar a notícia.